Corte
El tejido, endurecido en parafina, se corta en láminas más finas que un papel.
¿Qué es OncoLens y qué hace?
OncoLens es una aplicación web de Machine Learning que diferencia muestras de tejido sano y tejido tumoral, obtenidas en una biopsia, y posteriormente, diferencia entre 5 tipos de cáncer; mama, riñón, pulmón, próstata, colon.
¿Cómo funciona?
El programa admite un documento xlsx, csv o tsv con la expresión génica RNA-Seq que predice si tiene cáncer o no y qué tipo de entre los 5, con los modelos entrenados.
EntradaArchivo RNA-Seq
Modelo 1¿Tumoral o sano?
Modelo 2¿BRCA · KIRC · LUAD ·
PRAD · COAD?
PRAD · COAD?
Si el Modelo 1 concluye que el tejido es sano, el proceso termina ahí. Solo las muestras clasificadas como tumorales pasan al Modelo 2.
Biología
En cada célula de nuestro organismo hay un núcleo donde se almacena la información genética en forma de ADN.
El ADN es una molécula que contiene todas las instrucciones necesarias para que funcione el cuerpo. El manual de instrucciones de la vida.
- Campo de visión
- 280 mm
- Aumento
- ×1
- Técnica
- Fotografía
o arrastra sobre la imagen
280mm
01–02 Brazo y piel — Pexels · licencia libre
03–04 Tejido y células — KRT5, anticuerpo CAB000027 · Human Protein Atlas · CC BY 4.0
Biología - el libro de recetas
Esa molécula está organizada en segmentos llamados genes, que en el humano cuenta con unos 20.000. Cada uno de estos genes es una instrucción concreta para hacer una cosa específica.
Cada gen activo, la célula hace copias temporales de ese gen un número de veces. Estas copias se llaman ARN mensajero (mRNA en inglés).
Contando cuántas copias de mRNA hay de cada gen, podemos ver el patrón de actividad de ese tejido. Un tumor tiene un patrón de expresión distinto al tejido sano del mismo órgano — y eso es lo que el modelo aprende a detectar.
Del corte al informe
Lo que ocurre con una biopsia cuando llega al laboratorio de anatomía patológica.
Color
Las células son transparentes. Se tiñen: núcleos en azul, citoplasma en rosa.
Análisis
Forma, tamaño y organización de las células. Benigno o maligno, y de qué tipo.
Informe
Tipo de tumor, grado de agresividad y marcadores relevantes para el tratamiento.
Una capa más
Dos tumores pueden verse iguales al microscopio y comportarse de forma completamente distinta.
A quién va dirigido
Investigación y laboratorios
Grupos de oncología, laboratorios moleculares y centros que trabajan con perfiles de expresión génica.
Práctica clínica
Profesionales médicos interesados en la aplicación de modelos predictivos sobre datos transcriptómicos.
Docencia y aprendizaje
Estudiantes de bioinformática y ciencia de datos.
Lo que no es
Aviso
OncoLens NO es una herramienta diagnóstica. Es un proyecto académico de apoyo a la investigación. Sus resultados no constituyen un diagnóstico médico ni sustituyen la valoración de un profesional sanitario.